HPC ve GPU altyapısı ile desteklenen uçtan uca hesaplamalı biyoloji hizmetleri. Dizileme analizinden ilaç keşfine — hesaplamayı biz yaparız, siz bilime odaklanın.
Ham FASTQ okumalarından biyolojik içgörülere kadar yeni nesil dizileme verileri için kapsamlı analiz iş hatları.
Toplu RNA dizileme verilerinden diferansiyel gen ekspresyonu, splicing analizi, füzyon gen tespiti ve yolak zenginleştirme. DESeq2, edgeR ve STAR/HISAT2 hizalama stratejilerini destekler.
Request AnalysisProtein-DNA etkileşimlerini, histon modifikasyonlarını ve transkripsiyon faktörü bağlanma bölgelerini haritalamak için pik çağırma ve motif analizi ile kromatin immünopresipitasyon dizileme.
Request AnalysisGenom çapında R-loop haritalama, düzenleyici element tanımlama ve transkripsiyon-replikasyon çakışma analizi için DNA:RNA immünopresipitasyon dizileme.
Request AnalysisDoku mimarisini koruyan uzaysal gen ekspresyon profilleme. Hücre tipi dekonvolüsyonu ve uzaysal alan tanımlama ile Visium, Slide-seq ve Stereo-seq platformlarını destekler.
Request AnalysisDenetimsiz kümeleme, trajektori çıkarımı, hücre tipi anotasyonu ve çapraz örnek entegrasyonu dahil scRNA-seq, scATAC-seq ve multimodal tek hücre analizi.
Request AnalysisKısa veya uzun okuma tam genom dizileme verilerinden SNP/indel çağırma, yapısal varyant tespiti, kopya sayısı varyasyonu ve popülasyon genetiği.
Request AnalysisUzun okuma ve hibrit dizileme stratejileri kullanarak yüksek doğruluklu genom montajı ve karşılaştırmalı genomik.
PacBio HiFi, Oxford Nanopore veya hibrit veriden referans kalitesinde genom montajı. İskele oluşturma, boşluk doldurma, tekrar anotasyonu ve kapsamlı BUSCO kalite değerlendirmesi içerir.
Request AnalysisGenomik çeşitliliği, çekirdek/aksesuar genom yapısını ve yeni dizi tanımlamasını yakalamak için birden fazla suş veya tür arasında pan-genomların oluşturulması ve analizi.
Request AnalysisProtein yapı tahmininden makromoleküler etkileşim analizine kadar hesaplamalı yapısal biyoloji.
AlphaFold2/3 kullanarak son teknoloji protein yapı tahmini, multimer tahmini, güven puanlaması (pLDDT/PAE) ve alt akış analizli yapısal doğrulama dahil.
Request AnalysisGPU hızlandırma, RMSD/RMSF analizi ve trajektori kümeleme ile GROMACS veya AMBER kullanarak proteinlerin, nükleik asitlerin ve makromoleküler komplekslerin uzun zaman ölçeği MD simülasyonları.
Request AnalysisAutoDock Vina veya Schrödinger iş akışları kullanarak küçük moleküllerin protein hedeflerine rijit ve esnek kenetlenmesi, bağlanma pozu analizi ve MM-GBSA bağlanma afinitesi tahmini ile.
Request AnalysisHedef tanımlama ve öncü optimizasyonu için yapı tabanlı ve ligand tabanlı yaklaşımları entegre eden hesaplamalı ilaç keşfi iş hatları.
Doğrulanmış ilaç hedefi karakterizasyonu için MD tabanlı bağlanma serbest enerji hesaplamaları (FEP/TI), allosterik bölge tanımlama, kriptik cep tespiti ve protein esneklik analizi.
Request AnalysisKenetlenme, farmakofor filtreleme ve ML tabanlı puanlama fonksiyonları kullanarak ilaç hedeflerine karşı kimyasal kütüphanelerin (milyonlarca bileşik) büyük ölçekli sanal taraması.
Request AnalysisÇevresel ve klinik örneklerden mikrobiyal toplulukların kültürden bağımsız analizi.
Taksonomik sınıflandırma (Kraken2, MetaPhlAn), fonksiyonel anotasyon (HUMAnN3), alfa/beta çeşitlilik ve diferansiyel bolluk analizi için 16S/18S/ITS amplikon dizileme ve shotgun metagenomik.
Request AnalysisAraştırma sorunuza özel hesaplamalı biyoloji iş hatları tasarlıyor ve uyguluyoruz. Özel analiz planı için bizimle iletişime geçin.
Özel Hizmetleri Tartış