Analyses génomiques, structurales et de découverte de médicaments — de la matière première au manuscrit.
Pipelines d'analyse complets pour les données de séquençage de nouvelle génération, des lectures FASTQ brutes aux insights biologiques.
Expression différentielle des gènes, analyse de l'épissage, détection des gènes de fusion et enrichissement des voies à partir de données de séquençage RNA en vrac. Supporte DESeq2, edgeR et les stratégies d'alignement STAR/HISAT2.
Request AnalysisSéquençage par immunoprécipitation de la chromatine pour cartographier les interactions protéine-ADN, les modifications des histones et les sites de liaison des facteurs de transcription avec l'appel de pic et l'analyse de motif.
Request AnalysisSéquençage par immunoprécipitation ADN:ARN pour la cartographie des R-loops à l'échelle du génome, l'identification des éléments régulateurs et l'analyse des conflits transcription-réplication.
Request AnalysisProfilage de l'expression génique spatiale préservant l'architecture tissulaire. Supporte les plateformes Visium, Slide-seq et Stereo-seq avec la déconvolution du type cellulaire et l'identification du domaine spatial.
Request AnalysisscRNA-seq, scATAC-seq et analyse unicellulaire multimodale incluant le regroupement non supervisé, l'inférence de trajectoire, l'annotation du type cellulaire et l'intégration inter-échantillons.
Request AnalysisAppel de SNP/indel, détection de variants structuraux, variation du nombre de copies et génétique des populations à partir de données de séquençage du génome entier à lecture courte ou longue.
Request AnalysisAssemblage de génome haute fidélité et génomique comparative utilisant des stratégies de séquençage à lecture longue et hybride.
Assemblage de génome de qualité de référence à partir de données PacBio HiFi, Oxford Nanopore ou hybrides. Inclut l'échafaudage, le remplissage des lacunes, l'annotation des répétitions et l'évaluation complète de qualité BUSCO.
Request AnalysisConstruction et analyse de pan-génomes à travers plusieurs souches ou espèces pour capturer la diversité génomique, la structure du génome core/accessoire et l'identification de nouvelles séquences.
Request AnalysisBiologie structurale computationnelle de la prédiction de structure protéique à l'analyse des interactions macromoléculaires.
Prédiction de structure protéique de pointe utilisant AlphaFold2/3, incluant la prédiction de multimères, le score de confiance (pLDDT/PAE) et la validation structurale avec analyse en aval.
Request AnalysisSimulations MD à longue échelle de temps de protéines, acides nucléiques et complexes macromoléculaires utilisant GROMACS ou AMBER avec accélération GPU, analyse RMSD/RMSF et regroupement de trajectoires.
Request AnalysisDocking rigide et flexible de petites molécules sur des cibles protéiques utilisant AutoDock Vina ou des workflows Schrödinger, avec analyse de la pose de liaison et estimation de l'affinité de liaison MM-GBSA.
Request AnalysisPipelines de découverte de médicaments computationnels intégrant des approches basées sur la structure et le ligand pour l'identification de cibles et l'optimisation de leads.
Calculs d'énergie libre de liaison basés sur MD (FEP/TI), identification de sites allostériques, détection de poches cryptiques et analyse de la flexibilité protéique pour la caractérisation de cibles médicamenteuses validées.
Request AnalysisCriblage virtuel à grande échelle de bibliothèques chimiques (millions de composés) contre des cibles médicamenteuses utilisant le docking, le filtrage pharmacophore et des fonctions de scoring basées sur ML.
Request AnalysisAnalyse indépendante de la culture de communautés microbiennes à partir d'échantillons environnementaux et cliniques.
Séquençage d'amplicons 16S/18S/ITS et métagénomique shotgun pour la classification taxonomique (Kraken2, MetaPhlAn), l'annotation fonctionnelle (HUMAnN3), la diversité alpha/bêta et l'analyse d'abondance différentielle.
Request AnalysisNous concevons et implémentons des pipelines de biologie computationnelle sur mesure adaptés à votre question de recherche.
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